Pengajuan gugatan ke Pengadilan Tata Usaha Negara (PTUN) pada prinsipnya dibatasi tenggang waktu 90 hari. Ketentuan ini diatur dalam Pasal 55 Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1986 tentang Peradilan Tata Usaha Negara, yang menyebutkan gugatan hanya dapat diajukan dalam waktu 90 hari sejak diterimanya atau diumumkannya Keputusan Badan atau Pejabat Tata Usaha Negara.
Namun, seiring perkembangan praktik peradilan, penghitungan tenggang waktu tersebut mengalami dinamika. Perubahan pedoman mulai mengemuka sejak terbitnya Surat Edaran Mahkamah Agung (SEMA) Nomor 3 Tahun 2015. SEMA ini memberi pedoman khusus bagi pihak yang tidak dituju langsung oleh keputusan tata usaha negara (KTUN). Dalam kondisi tersebut, tenggang waktu 90 hari dihitung sejak pihak yang bersangkutan pertama kali mengetahui adanya keputusan yang merugikan kepentingannya.
Aturan lain yang memengaruhi cara perhitungan tenggat 90 hari ialah Peraturan Mahkamah Agung (PERMA) Nomor 6 Tahun 2018 tentang Pedoman Penyelesaian Sengketa Administrasi Pemerintahan Setelah Menempuh Upaya Administratif. Pasal 5 PERMA tersebut menyatakan tenggang waktu pengajuan gugatan dihitung 90 hari sejak keputusan atas upaya administratif diterima oleh warga masyarakat atau diumumkan oleh badan dan/atau pejabat administrasi pemerintahan yang menangani penyelesaian upaya administratif.
Ketentuan ini membuat tenggang waktu gugatan dapat “dibantarkan” ketika pihak penerima KTUN sedang menempuh upaya administratif. Sebagai ilustrasi: apabila sebuah KTUN terbit pada 5 November 2025 dan penerima KTUN mengajukan upaya administratif berupa keberatan pada 15 November 2025, maka penghitungan tenggang waktu dibantarkan sejak 15 November 2025 dan baru berjalan kembali setelah upaya administratif selesai.
Meski demikian, praktik di lapangan menunjukkan adanya variasi model penghitungan. Ada majelis hakim yang menerapkan pola pembantaran sebagaimana ilustrasi tersebut. Namun, ada pula yang menghitung kembali 90 hari sejak keputusan atas upaya administratif diterima atau diumumkan.
Di tengah dinamika itu, muncul penekanan bahwa tenggang waktu pengajuan gugatan merupakan bagian dari kebenaran formil. Sementara dalam perkara PTUN, hakim juga dituntut menggali kebenaran materiil. Ketua Muda Tata Usaha Negara (TUN) Prof. Dr. Yulius, S.H., M.H., pernah menyampaikan bahwa dalam kondisi tertentu kebenaran materiil dapat membuat kebenaran formil dikesampingkan.
Pernyataan itu disampaikan Yulius dalam pembinaan kepada seluruh PTUN dan Pengadilan Tinggi Tata Usaha Negara se-Indonesia melalui pertemuan daring, di sela peresmian Mushola Al-Hakim di PTUN Denpasar, Jumat (8/8/2025). Ia menekankan hakim harus berani “menabrak” hukum acara jika diperlukan untuk menegakkan hukum materiil. Menurutnya, sejumlah hasil pleno Mahkamah Agung juga menunjukkan bahwa hakim TUN perlu lebih mementingkan substansi dibanding formalitas.
Yulius mencontohkan perkara yang pernah ia tangani, ketika seseorang telah dinyatakan sebagai pemilik sah melalui hukum perdata, tetapi sertifikatnya dibatalkan karena terlambat mengajukan kasasi di TUN. Dalam kasus tersebut, ia memilih mengenyampingkan hukum acara untuk mengembalikan hak substansi penggugat.
Ia juga mengisahkan perkara lain mengenai seorang pegawai yang dipecat karena tidak masuk kerja selama tiga bulan akibat hamil anak ketiga—kondisi yang disebutnya tidak diatur dalam undang-undang kepegawaian. Dalam putusannya, Yulius menyatakan bahwa kehamilan bagi perempuan bersuami merupakan hal kodrati dan tidak tepat jika negara menghukum sesuatu yang alamiah. Ia memerintahkan pegawai tersebut untuk kembali bekerja.
Meski mendorong keberanian hakim menegakkan substansi, Yulius menegaskan langkah mengesampingkan hukum acara tidak boleh dilakukan sembarangan. Menurutnya, kepentingan menegakkan hukum materiil harus lebih besar dan lebih kuat ketika hakim memilih menabrak ketentuan formal.
Ia juga mengingatkan agar hakim TUN tidak menjadi “makhluk kertas” yang semata berpegang pada aturan formal. Dalam pandangannya, perkara yang disidangkan selalu berkaitan dengan realitas hidup manusia—mulai dari rumah yang dirobohkan, pegawai yang dipecat hingga berdampak pada keluarganya, sampai pejabat yang diberhentikan dan menanggung konsekuensi sosial. Realitas semacam itu, kata Yulius, tidak boleh lepas dari perhatian hakim dalam memeriksa dan memutus perkara.
